学会建有学术、组织、科普和青年工作委员会，已常态化运作。目前有专委会6个，各专委会均有秘书长负责日常工作。为有效开展科技智库的建设工作，学会在原有架构上成立智库建设工作委员会，学会秘书长担任负责人，各专委会秘书长为主要成员，全面负责科技智库的建设工作。
江苏省药理学会机构组成
学会制定了智库的发展规划，确立了指导思想、基本原则和主要目标，制定了现阶段的主要任务，明确了条件保障，并提交理事扩大会议通过实施。
学会制定了智库工作绩效评价和激励表彰制度，根据工作成效给予相应的表彰和奖励。
智库工作委员会通过充分讨论，制定年度工作计划。定期召开工作会议推动智库建设各项目标任务落实每年至少于年初、年终、年末召开3次工作委员会会议，进行工作部署和总结。智库建设作为各专委会的日常工作的重要部分，其工作成效纳入各专委会秘书长的目标管理考核体系。
为便于工作的开展，学会建立了完善的智库工作网络。学会以各专委会秘书长为主要联系人，将智库工作分解到各专委会，由专委会联系相应的专家和会员，形成了上传下达的网络，促使智库工作有效、高效的开展。同时充分利用互联网的优势，建立了微信工作网络。智库工作委员会建立了工作微信群，智库专家进入科技专家群，各专委会分别建有专委会微信群，结合学会的微信公众号，及时交流相关科技政策、科技信息，收集科技舆情。为广泛联系省内的科技工作者，参与智库建设提供了便捷的平台。